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GUDMAP Genital Tubercle Atlas Reference Models

The table below provides links to the set of 3D reference models with and without the gene-expression patterns for the marker gene shh. All models are provided by the Cohn Lab. Click on the live links in the table to view the available reference models. Note the marker gene models will be spatially mapped to the wild-type embryos to enable comparison of new data against the reference pattern.

Male Female
Wild type Shh Wild type Shh
TS19 11.5dpc GT_11.5_M_WT (EMA:150) GT_11.5_M_SHH (EMA:158) GT_11.5_F_WT (EMA:151) GT_11.5_F_SHH (EMA:207)
11.5dpc early GT_11.5e_M_WT (EMA:195) GT_11.5e_M_SHH (EMA:213) GT_11.5e_F_WT (EMA:174) GT_11.5e_F_SHH (EMA:159)
11.5dpc late GT_11.5l_M_SHH (EMA:216)   GT_11.5l_F_SHH (EMA:212)
TS20 12.5dpc GT_12.5_M_WT (EMA:176) GT_12.5_M_SHH (EMA:178)   GT_12.5_F_SHH (EMA:181)
12.5dpc early GT_12.5e_M_WT (EMA:175) GT_12.5e_M_SHH (EMA:214) GT_12.5e_F_WT (EMA:180) GT_12.5e_F_SHH (EMA:179)
12.5dpc late GT_12.5l_M_WT (EMA:177) GT_12.5l_M_SHH (EMA:215)   GT_12.5l_F_SHH (EMA:182)
TS21 13.5dpc GT_13.5_M_WT (EMA:152) GT_13.5_M_SHH (EMA:160) GT_13.5_F_WT (EMA:153) GT_13.5_F_SHH (EMA:161)
13.5dpc early       GT_13.5e_F_SHH (EMA:209)
13.5dpc late   GT_13.5l_M_SHH (EMA:183)
GT_13.5l_M_SHH (EMA:184)
  GT_13.5l_F_SHH (EMA:185)
TS22 14.5dpc   GT_14.5_M_SHH (EMA:169)   GT_14.5_F_SHH (EMA:206)
14.5dpc early   GT_14.5e_M_SHH (EMA:202)   GT_14.5e_F_SHH (EMA:210)
14.5dpc late   GT_14.5l_M_SHH (EMA:188) GT_14.5l_F_WT (EMA:192) GT_14.5l_F_SHH (EMA:170)
TS23 15.5dpc GT_15.5_M_WT (EMA:157) GT_15.5_M_SHH (EMA:171) GT_15.5_F_WT (EMA:156) GT_15.5_F_SHH (EMA:164)
15.5dpc early   GT_15.5e_M_SHH (EMA:203) GT_15.5e_F_WT (EMA:191) GT_15.5e_F_SHH (EMA:208)
15.5dpc late   GT_15.5l_M_SHH (EMA:204) GT_15.5l_F_WT (EMA:189) GT_15.5l_F_SHH (EMA:198)
TS24 16.5dpc GT_16.5_M_WT (EMA:167) GT_16.5_M_SHH (EMA:163) GT_16.5_F_WT (EMA:168) GT_16.5_F_SHH (EMA:217)
16.5dpc early   GT_16.5e_M_SHH (EMA:186)   GT_16.5e_F_SHH (EMA:196)
16.5dpc late   GT_16.5l_M_SHH (EMA:197) GT_16.5l_F_WT (EMA:187) GT_16.5l_F_SHH (EMA:199)
TS25 17.5dpc GT_17.5_M_WT (EMA:154) GT_17.5_M_SHH (EMA:193) GT_17.5_F_WT (EMA:155) GT_17.5_F_SHH (EMA:211)
17.5dpc early   GT_17.5e_M_SHH (EMA:172)   GT_17.5e_F_SHH (EMA:201)
17.5dpc late   GT_17.5l_M_SHH (EMA:194)